Fl-1592 l-Isqof Gargallo għażel il-knisja tas-Salvatur bħala l-knisja parrokjali f’Ħal Lija. Wara li din il-knisja damet tintuża għal aktar minn mitt sena, il-komunita' ta Ħal Lija ħasset il-ħtieġa li tibni knisja akbar. Fl-1693 inxtrat għalqa biex tinbena fuqha l-knisja.
Sena wara fl-20 ta Mejju 1694, l-isqof Cocco Palmieri bierek l-ewwel ġebla tal-knisja l-ġdida. Fi ftit aktar minn sitt snin ix-xogħol tal-bini tlesta u f’Lulju tal-1702 il-knisja l-ġdida tas-Salvatur ġiet mbierka.
